Kromě faktur ve formátu pdf., poskytuje FakturaOnline.cz svým uživatelům také možnost stáhnout vystavenou fakturu ve formátu ISDOC (Information System Document).
ISDOC je běžně využívaný elektronický formát pro fakturaci u nás, který byl oficiálně vytvořen ICT Unií právě proto, aby jej bylo možné využívat pro většinu účetnických programů. Většina výrobců ekonomických systémů u nás přislíbila podporování tohoto formátu, stejně jako například státní správa. Mezi tyto informační a účetní programy, které podporují formát ISDOC patří například:
- POHODA od Stormware
- Informační systém KARAT
- ABRA Software a.s.
- SAP ČR s.r.o.
- Účetní software DUNA
- Money S3
- Vario
V případě potřeby vystavení faktury ve formátu ISDOC ve FakturaOnline.cz je postup následující:
- Vystavení faktury podle potřeby (plátce vs. neplátce DPH, etc.),
- Odeslání faktury e-mailem (například také na osobní e-mail nebo e-mail vedený k účtu). V této fázi je nutné vybrat ve vyskakovacím okně s textem odesílaného e-mailu možnost "Zaslat fakturu i ve formátu ISDOC".
- Stažení faktury pro účetní programy po vystavení (i hromadně). Všechny vystavené faktury lze stáhnout ve formátu ISDOC také po jejich vystavení.