FakturaOnline.cz rozlišuje i plátce a neplátce DPH a automaticky mění formulář podle toho, jakou z možností klient při vytváření faktury vybere.
Každý podnikatel ví, do jaké kategorie spadá. Případně pokud jsou vystavovány faktury za více subjektů z jednoho účtu, je možnost v úvodu při vytváření faktury v sekci "Faktura" vybrat i z více druhů faktur.
Dále se faktura vystavuje podle návodu "Jak vystavit fakturu".